日本経済は相変わらず低迷を続けていました。不良債権の処理は遅々として進まず、平成13（2001）年に入ると失業率も5パーセントを超え、頼みの綱のアメリカ経済にも陰りが見え始めてデフレ・スパイラルの様相を呈するに至りました。

同年4月、「聖域なき構造改革」を標榜する小泉内閣が発足。記録的な高支持率を受けてスタートしました。9月11日、ニューヨークで同時多発テロが発生し、世界中を震撼させました。

時を同じくして、BSE（牛海綿状脳症、狂牛病）に感染した牛が日本でも初めて発見され、国民の間に大きな不安が広がりました。平成13年12月1日、皇太子ご夫妻に敬宮愛子様が誕生。暗い事件の続く中、一服の清涼剤となりました。

この時期、当社は平成12年に静岡営業所を、14年には長野営業所を開設して、ネットワークの拡充がさらに進展。

平成12年7月には、イントラネットを構築し、情報の共有化・迅速化を図るとともに、営業マン一人一人にもモバイルコンピュータを持たせることで、社内外情報の共有や、お客さまのニーズにいち早く応えることが可能となりました。

平成12年9月、アメリカ・シカゴに事務所が開設。国内でも農場を借りて、納豆に適した大豆の種子開発を行っていますが、原料大豆（納豆・豆腐）の大量・安定供給を確保するため、アメリカへの進出を図ったものです。栽培契約をしている農家を回り、納豆・豆腐とはどういうものであるか、消費者がそれをどう食べるかなどを説明しています。大学の専門的な研究機関にも種子開発を委託しており、非遺伝子組み換え大豆の管理も、シカゴ事務所の任務の一つとなっています。

平成13年7月、水戸第二工場で火災が発生し、製造設備の一部が焼失しました。

規模の拡大に安全体制が追いつかなかったことを反省し、以後、「安全度アップ委員会」を組織し、常に万全の対策を講じる態勢をとることにしました。

また、平成14年9月には、免震防火構造のコンピュータセンターが完成、情報の安全対策を含め、経営の安全が図られました。

この時期に開発した商品では、平成13年4月発売の「旨味（うまあじ）」が大ヒットしました。納豆の乾燥を防止するためのポリエチレンフィルムを省いた画期的な「落し蓋容器」と、工夫をこらした「昆布たれ」の風味が大きな評判を呼びました。

豆腐では、平成14年に発売した、無駄なく使える200グラム2個入りの「ツインパック豆腐」が爆発的なヒット商品となりました。

平成14年3月期に363億円を突破した売上高は、その後も着実に伸び続け、14年岡山工場の操業とともに、15年3月期には395億円を記録し、増収増益の実績をあげることができました。また、新規事業の豆腐部門は売上高が前年比118パーセントとなり、納豆に続く第二の柱として着実に成長しつつありました。

この間当社は、平成14年2月、創業70周年を迎えました。